Una pompa ad aria e una pietra pomice o un diffusore compiono perfettamente questo lavoro.

E' basato sull'idea di rimuovere dell'acqua dall'acquario e di elaborarla per rimuovere i residui e di restituirla all'acquario purificata, eventualmente aggiungendo anche l'effetto di areare l'acqua.

Questi filtri sono solitamente una scatola in cui sono contenuti dei mezzi di filtraggio quali carbonio e filo di seta o un tipo filtro preimballato del carbonio.

L'acqua è solitamente spinta tramite un flusso di bolle, utilizzando un areatore, o tramite una piccola pompa elettrica inserita nei mezzi filtranti.

Questi sono usati per rimuovere la sporcizia, ottenere trasformazioni chimiche  e per fornire l'aerazione così come circolazione dell'acqua.